Antes da chegada dos colonizadores portugueses, no século XVII, o atual território de Ibiapina era habitado por nações indígenas Tupis (Tabajara, Tupinambá) e tapuias (cararijus). Existiam mais de setenta aldeias indígenas na região, sendo conhecidos os chefes tabajaras Irapuã ("Mel Redondo") e seu irmão, Jurupariaçu ("Demônio Grande"). É uma das regiões do Ceará no qual os indígenas já tinha contatos e negociavam com os franceses estabelecidos em São Luis doMaranhão antes da chegada dos portugueses.
Os portugueses chegaram a partir de 1603, com a expedição de Pero Coelho de Souza e tinham, como intuito, encontrar um caminho por terra para poder expulsar os franceses do Maranhão. Nessa expedição, também veio o jovem Martim Soares Moreno. Pero Coelho e suas tropas guerrearam com os nativos, vencendo-os e fechando um acordo de paz com os mesmos, porém, quando este e suas tropas avançaram na direção do Piauí, foram derrotados pelos indígenas e franceses.
Em 1607, os padres Francisco Pinto e Luís Figueira chegaram à região, encontrando as aldeias dispersas, em conflito e amendrontadas com relação aos portugueses. Estes ficaram quatro meses na região e, depois do assassinato do padre Francisco Pinto, o padre Luiz Figueira fugiu da região.
Em 1656, vieram os Jesuítas do Maranhão com a catequização ao longo da Grande Serra. Nesse período, formou-se o aldeamento a que se denominou Baepina.
Até 1741, pertenceu à Capitania do Piauí, quando, então, passou à jurisdição do Ceará. Até hoje, existe um litígio entre os dois estados sobre as divisas territoriais.